L'entrata in guerra dell'Italia, il 10 giugno 1940, prima rallentò e poi interruppe bruscamente l'inizio del timido sviluppo al quale si avviava il nuovo Comune. Pomezia non aveva avuto danni irreparabili; ma la torre comunale abbattuta dai tedeschi riempiva con le sue macerie la piazza. Anche le campagne non furono risparmiate.
I collegamenti erano pressoché inesistenti, i raccolti distrutti, le poche bestie razziate; mentre molte case coloniche risultavano danneggiate. Erano state anche distrutte tutte le dighe che raccoglievano e contenevano le acque e le distribuivano nei canali di bonifica, per cui una vastissima zona dell’Agro, più a sud di Pomezia, fu completamente sommersa.
Il 21 gennaio 1944 Radio Londra trasmise un messaggio in codice "La zia è malata e sta per morire".
Il giorno dopo gli alleati sbarcarono ad Anzio; sembrava che tutto dovesse finire in fretta, ma fu solo l’inizio del calvario. I bombardamenti alleati iniziarono subito; il più colpito fu il vicino aeroporto di Pratica di Mare, ma non furono certo risparmiati i centri abitati, le campagne e le strade. Gli abitanti di Pratica ricordano ancora quell’alba, quando dal castello, al largo di Anzio, si vedeva una quantità non definibile di sagome di navi e il cielo era coperto da fortezze volanti.
Anche nella zona di Pomezia ci fu un esodo generale: chi verso i Castelli Romani, chi si rifugiò dentro Roma, dove vennero ospitati al centro raccolta profughi nell'istituto San Michele, sul Lungotevere; nella speranza che la presenza del Papa e lo status di "città aperta" avesse tenuto lontano i bombardamenti americani; molti romagnoli e altri del Nord ritornarono velocemente verso le regioni d’origine, inconsapevoli di andare incontro, in un futuro prossimo, ad altri fronti di guerra.
I tedeschi, in ritirata, distrussero la ‘Torre del Vajanico ", la torre serbatoio di Pomezia, la torre di Pratica, disseminando di mine tutta la fascia costiera e le strade di transito. Il bellissimo viale alberato che fiancheggiava la strada che portava a Pratica era stato distrutto dai tedeschi. Le piante erano di traverso sulla strada, per ostacolare il transito agli alleati. L’entrata del borgo era ostruita dalle macerie della torre; la chiesa e le case erano danneggiate, ovunque c’erano mine e bombe di aerei o di mortai inesplose.
I primi rientri a Pomezia avvennero il 5 giugno 1944, il giorno dopo che gli alleati entrarono in Roma.
In poco tempo il piccolo centro appena nato si riempì di sfollati che si sistemarono in tutti gli edifici pubblici; casa comunale, ex casa del fascio, ufficio postale, scuola.
Tanta rovina portò a una immediata ricomparsa della malaria, che venne comunque debellata poco dopo con la risistemazione delle opere di incanalamento delle acque e con l’uso del D.D.T. portato dagli americani.